Ο Νικόλαος Σπανάκης γεννήθηκε στην Αθήνα και σπούδασε στο Τμήμα Βιολογίας της Σχολής Θετικών Επιστημών του Πανεπιστήμιου Αθηνών, ενώ εκπόνησε τη διπλωματική του εργασία στο Εργαστήριο Μοριακής Ογκολογίας και Βιοτεχνολογίας, του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών. Κατόπιν, ολοκλήρωσε τις σπουδές του στην Ιατρική, και εκπόνησε την διδακτορική του διατριβή, στο Εργαστήριο Ιστολογίας-Εμβρυολογίας, της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστήμιου Αθηνών.

Από το 2005 μέχρι σήμερα διατελεί ως Διευθυντής της Μονάδας Ιολογίας, στο Εργαστήριο Μικροβιολογίας, της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστήμιου Αθηνών, όπου παράλληλα διδάσκει και ως Αναπληρωτής Καθηγητής. Από το 2009 διεύθυνε επιτυχώς το Εργαστήριο Μοριακής Βιολογίας και Γενετικής, του Νοσοκομείου Metropolitan, ενώ πρόσφατα ανέλαβε τη Γενική Διεύθυνση του AlphaLab Α.Ε., μέλος του Ομίλου Υγεία, ως Επικεφαλής του Τμήματος Μοριακής Μικροβιολογίας. Διετέλεσε, Υπεύθυνος Διαχείρισης Ποιότητας και μετέπειτα Διευθυντής των Εργαστηρίων Μοριακής Βιολογίας και Μικροβιολογίας Medical Analysis LTD, στην Αθήνα, ενώ εργάστηκε και στο Τμήμα Νεφρού του Νοσοκομείου Υγεία, και ως ερευνητής στη Μονάδα Ιολογίας, του Εργαστηρίου Μικροβιολογίας, της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστήμιου Αθηνών, όπως και στο ερευνητικό εργαστήριο του Τμήματος Ενδοκρινολογίας της 1ης Παθολογικής Κλινικής, της Ιατρικής Σχολής, του Πανεπιστήμιου Αθηνών.

Το ερευνητικό του ενδιαφέρον έγκειται στην Ιολογία και την Μοριακή Μικροβιολογία, ενώ
έχει στο ενεργητικό του 60 διεθνείς ερευνητικές εργασίες, και έναν σημαντικό αριθμό διαλέξεων και παρουσιάσεων, σε εθνικά και διεθνή συνέδρια, ενώ έχει επίσης ολοκληρώσει και μεταφράσεις ιατρικών εκδόσεων, με θέμα την Μικροβιολογία.